L-Arċikonfraternità ta’ San Ġużepp hija t-tieni konfraternità li twaqqfet fil-Knisja tal-Karmnu tal-Belt. Din twaqqfet fl-1632. F’dokumenti antiki nsibu li fid-9 ta’ Jannar 1632 kien ħareġ dokument minn Ruma tat-twaqqif tal-Arċikonfraternità li ħarġet mill-Arċikonfraternità ta’ Ruma. Id-digriet jibda hekk “Concedimu licentiam erigendi dicta Confraternitas….Jacob Sterpianus Vic S. Petri.”
Fis-sena 1669 fil-15 ta’ Frar saru l-istatwi tal-Konfraternità li għadhom sal-lum.
Għall-ewwel il-Fratelli kellhom bħala oratorju fejn kienu kienu jistgħu jinġabru għal-laqgħat tagħhom tliet indani ħdejn il-bieb tal-kunvent. Dawn ngħataw mill-Pirjol P. Benedetto Paci fl-20 ta’ Lulju 1685 bil-permess tal-Komunità. Għal dawn it-tliet indai kienu obbligati jħallsu 24 tari’ fis-sena u l-istess fratelli rranġawhom u għamluhom oratorju.
Din il-Konfraternità sa mill-bidu tat-twaqqif tagħha bdiet tagħmel b’solennità l-iżjed kbira l-festa tal-Patrun tagħha San Ġużepp. Fis-sena 1694 għamlet l-istatwa ta’ San Ġużepp fil-proċessjoni li għandha teżisti sal-lum. Iżda biex iktar il-festa ta’ San Ġużepp tirnexxi solenni, kif ukoll biex tikber id-devozzjoni lejn il-Madonna tal-Karmnu, fis-16 ta’ Marzu 1793 il-Fratelli ta’ San Ġużepp talbu lill-Vigarju Pirjol P. Albert Camilleri biex fil-proċessjoni tal-imsemmi qaddis toħroġ l-istatwa tal-Madonna tal-Karmnu tal-Patrijiet. Din it-talba ġiet milqugħa mill-Komunità u hekk fil-proċessjoni ta’ San Ġużepp, flimkien mal-istatwa tal-Qaddis bdiet toħroġ ukoll l-istatwa tal-Madonna.
Fl-1805 l-Fratelli qalgħu l-privileġġ li l-altar tagħhom ikun privileġġat u għal dejjem. F’din is-sena l-istess Fratelli kienu qalgħu wkoll mingħand il-Ġeneral tal-Ordni Karmelitan Figliolanza tal-Ordni.
Fil-31 ta’ Diċembru 1841 il-Pirjol P. Majjistru Pier Tumas Galea wera lill-Patrijiet ix-xewqa li jittieħed il-kuritur t’isfel li hu oratorju ta’ San Ġużepp u l-kmamar li jinsabu fih u minflokhom jinbnew ħwienet u mezzanini. Bara minn dan espona wkoll ix-xewqa li f’nofs il-bitħa jsir taraġ sabiħ u arjuż li aktar isebbaħ il-Kunvent. Il-Patrijiet approvaw din id-doppja proposta u l-Fratelli wara bosta kwistjonijiet ċedew l-oratorju u minflok l-Komunità tathom taħt it-taraġ sakemm l-istess Komunità tatihom post adattat biex ikunu jistgħu jagħmlu oratorju xieraq. Wara ftit taż-żmien il-Komunità tathom nofs il-kuritur tan-naħa ta’ Triq it-Teatru l-Antik. Il-Fratelli malajr irranġawh u tawh għamla ta’ vera oratorju u fil-11 ta’ Marzu tal-1855 l-oratorju l-ġdid ġie mbierek mill-Pirjol P. Majjistru Pier Tumas Galea.