Fl-1570 il-Knisja, li kienet li kienet iddedikata lit-Tħabbira tal-Madonna fetħet il-bibien tagħha wara li l-Patrijiet Karmelitani talbu biċċa art lill-Gran Mastru Pietro del Monte. Il-Knisja nbniet fuq pjanta ta’ Ġilormu Cassar, fejn saru diversi tibdiliet u żidiet matul is-snin.
Għal madwar 22 sena l-knisja serviet bħala parroċċa sakemm inbniet il-knisja tan-Nawfraġju ta’ San Pawl. Il-Kavallieri ta’ San Ġwann kienu qrib tal-Karmelitani fil-Palestina u Ċipru. Ħafna kavallieri għamlu l-professjoni solenni fil-Knisja tal-Madonna tal-Karmnu. Waħda minnhom kienet tal-Gran Mastru Pinto li saret fit-28 ta’ Ġunju 1705.
Il-faċċata tal-Knisja reġgħet inbniet fl-1852 minn Giuseppe Bonavia. Anki wara t-terrimot ta’ Messina waqa’ parti mis-saqaf u dan reġa’ nbena.
L-ewwel purċissjoni saret fl-1622. L-istatwa atttwali tal-Madonna tal-Karmnu li hija magħmula mill-injam saret f’Napli fl-1781 u kienet mħallsa minn Patri Mag Michelangelo Chircop O. Carm.
Fl-1931 l-Arċikonfraternità tal-Madonna tal-Karmnu ħallset pedestall tal-fidda li sar fuq disinn ta’ Abraham Gatt u Vincent Apap.
Fl-1881 il-kwadru titulari ġiet nkurunat mill-Isqof Carmelo Scicluna wara digriet mill-Vatikan u b’hekk sar l-ewwel Santwarju f’Malta. Il-kwadru titulari li huwa pittura tas-seklu sittax li saret fi Sqallija turi l-Madonna tal-Karmnu nkurunata mill-Angli b’San Xmun Stock u Sant’Aġata fuq ix-xellug u l-lemin tagħha rispettivament. Taħt il-Madonna wieħed jara l-erwieħ tal-purgatorju.
Fl-1895 il-knisja ġiet elevata bħala Bażilika Minuri, l-ewwel waħda f’Malta. Fejn saret it-tribuna u l-ewwel arta mejda fil-Gżejjer Maltin.
Wara l-ħsarat li seħħew fil-bini tal-knisja minħabba l-gwerra, l-komunità tas-Santwarju mmexxija minn Patri Anselm Chircop O.Carm iddeċidew li jibnu knisja ġdida. Din il-knisja saret fuq disinn ta’ Ġużè D’Amato u nbniet bejn l-1958 u l-1981. Id-disinn tal-faċċata u l-koppla saru mill-periti Louis Naudi u Patri Franco Falzon O.Carm.
Fl-1985 l-iskultura Kav. Joseph D’Amato miż-Żurrieq beda jiskultura l-knisja.